軽トールワゴンでダイハツ・ムーヴやホンダ・ライフとともに人気がある。狭さを、背を高く取ることで克服した軽の革命的モデルである。
三菱・ミニカトッポという先駆者があったが、このワゴンRは基本的にアルトやセルボモードをベースにしているものの、アンダーフロアを二重構造にし座面も高く取ることで、それまでの自動車には快適性を創造した。足を窮屈に曲げずに座れることで圧迫感が軽減し、視点も高くなることにより眺望性・視認性も向上しそれに伴って開放感も向上した。ワンボックスカーでもこれらは実現していたが、ワンボックスカーは乗降に難儀するが、2ボックスでは地面からワンステップの高さのため乗降もスムーズとなった。実用性だけでなくホビー性にも長けていたため本来は幅広い趣味を持った若年の男性ユーザー層をターゲットとしていたが優れた使い勝手で購買層は老若男女の幅広い層（特にセカンドカーを望む主婦層）に拡大していった。
1月から年間軽自動車販売台数でムーヴに抜かれるが、2003年4月から2004年3月の軽自動車販売台数で第1位となったため、一時ワゴンR、ムーヴの両方が「No.1」を名乗っていた。
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